El Museo Nacional de Medicina tiene por misión proteger el patrimonio vinculado a la medicina en Chile a través de su acopio, conservación, investigación y difusión.

Considera un deber satisfacer  el acceso a la información de la comunidad, nacional e internacional poniendo a disposición de las personas sus colecciones, con el fin de colaborar en la comprensión del desarrollo técnico, social y cultural de la asistencia médico hospitalaria en Chile.