2002: Publicación del Libro "Presencia de María en la Pintura Colonial: Museo La Merced" 2002 - 2003: Proyecto "Nueva Museografía y puesta en Valor de las Colecciones de La Merced", Corporación de Amigos del Patrimonio, Fundación Andes y aportes privados. Este proyecto permitió la habilitación museográfica y de depósitos, la conservación y documentación de colecciones, y la implementación de nuevos servicios en el Museo.

Octubre de 2003: Reinauguración del Museo La Merced. Diciembre del 2003: Exposición "Devociones Cusqueñas", realizada en conjunto con la Embajada del Perú.

Julio del 2004: Exposición Dibujos de Fernando Guembes. Noviembre 2004: Sexta Versión Museos de Medianoche

Enero 2005: Fundación Futuro otorga "Premio Ciudad 2005" al Museo La Merced
Enero 2005: Séptima versión de Museos de Medianoche
Febrero 2005: Ciclo de Verano Tesoros de La Merced
Marzo 2005: Concurso de Pintura Infantil Abril: Conciertto de Tango "Carillón de La Merced" Julio: Exposición de Medallas Conmemorativas de los Viajes de SS Juan Pablo II Octubre: Conferencias sobre Religiosidad Popular en Chile y América Latina Diciembre: Exposición "Y nació en un pesebre..." Muestra de Fanales del museo La Merced en el Centro de Extensión de la Pontificia Universidad Católica de Chile.

Enero 2006: Ciclo Tesoros de La Merced
Agosto 2006: Ciclo de Conferencia sobre Cultura Barroca en América Latina